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加的赛事，这项赛事是用来取代由于战争被迫取消的联赛，巴萨成为地中海联赛的冠军。为了逃避战争，同时也是寻求资金来改善俱乐部可悲的财政状况，巴萨前往墨西哥和美国。有些球员甚至再也没有回到巴萨。1937年夏天，球队以民主、自由大使的身份受到墨西哥的接待。
1944年，约瑟夫-萨米蒂埃成为球队主帅
1944年，约瑟夫-萨米蒂埃成为球队主帅
1938年5月16日，弗朗西斯科·佛朗哥的军队进攻巴塞罗那时在巴塞罗那的社交俱乐部投掷了炸弹，造成了极大的损失。几个月后，巴塞罗那被佛朗哥军队占领。巴塞罗那足球俱乐部作为加泰罗尼亚主义的标志，会员人数被勒令减少到3486人，面临着巨大的生存问题。
1939年6月29日，LesCorts球场为举办一场比赛而正式重新开放。比赛由一大堆军人和当权者主持。俱乐部在赛前一场演讲中声明自己不再是反西班牙情绪的载体，而是要成为新政权下西班牙竞技的新偶像。
1940年3月，弗朗哥政府的官员恩里克·皮涅罗被任命为巴塞罗那主席，俱乐部的名字也被勒令从原来比较英国化的名字FutbolClubBarcelona改为了西班牙化的ClubdeFutbolBarcelona（1973年恢复了原来的名字），加泰罗尼亚旗上的4道红杠被勒令减少到了2道，直到1949年恢复原状。
1943年对皇家马德里的比赛中，巴塞罗那队员受到了裁判和警察的死亡恐吓。巴塞罗那主席皮涅罗虽然是法西斯分子，但最后厌烦了自己的俱乐部受到了马德里政府这样的待遇，最后辞职。
1944年，萨米蒂埃执教巴萨，赢得了1944/45西班牙联赛冠军，这是自1929年以来球队首个联赛冠军。
巴塞罗那获得了1944/45、1947/48、1948/49三个赛季的联赛冠军，还在1949年获得了拉丁杯的冠军。巴塞罗那在1949年举行了庆祝俱乐部50周年的庆典，会员达到了24893人，共获得了21座加泰罗尼亚杯冠军，9次西班牙杯冠军，4次联赛冠军。
在1953年，俱乐部又赢得了西甲冠军和大元帅杯。同年，巴萨与河床达成协议，签下迪斯蒂法诺，拥有该球员的所有权。与此同时，皇马与迪斯蒂法诺当时正效力的米伦拿列奥俱乐部展开谈判。在弗朗哥分子的支持下，一个奇怪的结果诞生了，迪斯蒂法诺被规定轮流为两家球会效力。巴萨对这个裁定十分不满，并主动放弃了这名球员。库巴拉的巴萨和迪斯蒂法诺的皇马争斗多年，争夺西班牙足球的统治权。
伴随着库巴
60年代巴萨球员进球后
60年代巴萨球员进球后
拉、拉马莱茨、泰加塔和赛博尔的离开，巴萨的五冠王朝宣告结束。
随着新兴建的诺坎普体育场于1957年9月24日启用，巴塞罗那正式踏入一个新时代。
五冠王朝（1950-1968）
60年代球队阵容
60年代球队阵容
1950年6月库巴拉加盟巴塞罗那。俱乐部在FerdinandDau?ík教练和库巴拉的带领球队获得了1951/52，1952/53赛季联赛冠军，还包办了1951/953三年的西班牙杯冠军。在1951/52赛季，巴塞罗那在由巴罗萨、塞萨尔、库巴拉、莫雷诺、曼科恩组成的锋线率领下成为了联赛、西班牙杯、拉丁杯、马丁杯、罗西杯冠军的五冠王。[9]